平行志愿填報雖然減少了志愿填報的風險，但同樣存在風險。
    具體表現在以下三方面：
    1、投檔而被退檔的風險。雖然教育考試部門從減少投檔而被退檔的矛盾出發把投檔比例定位105%，但是仍有5%的考生投檔后可能會被退檔。退檔的考生，即便是A志愿退檔，也將直接進入征求志愿。這是平行志愿填報最大的風險。被退檔的理由大致有：高考分數在所有被投檔該學校考生中偏低；填報專業志愿太高，且志愿不服從調劑。當然，如果高校實行“進檔即取”的原則，那么，只要分數達到投檔線，志愿服從調劑，就不會退檔，落榜生將大大減少。
     2、定位不準確的風險。舉例來說，某個文科考生，2008年高考填報志愿時，預計自己可以考510分左右，于是A志愿填報上海交通大學，B志愿填報上海外國語大學、C志愿填報上海財經大學、D志愿填報華東師范大學，可考試下來，總分只有495分，離開D志愿華東師范大學的最低投檔分尚有3分差距，第一輪投檔失敗。這就是定位不準所帶來的風險。
　3、志愿沒有梯度的風險。舉例來說，某位文科考生A志愿填報上海外國語大學、B志愿填報上海財經大學、C志愿填報華東師范大學、D志愿填報上海對外貿易學院，這4所學校2008年的投檔分依次為503分、502分、498分、493分，相差幅度總計不超過10分，學校之間根本沒有拉開梯度，容易因考場發揮等因素，造成一校落榜，其余3校也沒有機會。 
    減少以上三方面風險，要求考生在填報志愿時，注意四點：
　1、準確評價自己的實力，并根據自己的實力，確定最理想報考院校與最不理想報考院校的范圍。把最不理想報考院校作為D志愿。
　2、重視A志愿的選擇，雖然對于考生來說，不能投檔到A志愿，還可投檔到以后的志愿，但是，如果按實力報考A志愿毫無希望，選擇A志愿屬于浪費；如果報考A志愿有一定希望，考生必須考慮被投檔卻因分數低而退檔的可能，雖然發生這種情況的幾率很小，但一旦發生，后果極其嚴重。當然，如果考生對此有心理準備，也不妨嘗試。另外，從興趣角度出發，A志愿應該是考生實力和興趣結合最優的學校。
　3、在填報志愿時，要減少投檔而被退擋的可能。一要填寫服從專業調劑；二要注意專業填報。平行志愿愿否調劑欄中有5個數字表示自己的意向：1表示全部愿意調劑；2表示全部不愿意調劑；3表示除中外合作專業外，其他愿意調劑；4表示除醫學類外，其他愿意調劑；5表示除農林專業外，其他愿意調劑；全部空白也表示不愿意調劑。錄取時一律不予調劑。凡填寫的，錄取時不再征求考生意見。
    4、進行合理的志愿搭配，增加各志愿的有效性。在平行志愿填報中，依舊要注意平行志愿間的梯度，一方面，不能使前后志愿順序顛倒，使后一志愿失效；另一方面，不要使前后志愿完全“平行”，造成前一志愿不能投檔，后一志愿也不能投檔。
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